Si bien su hermana, la AppStore para dispositivos móviles viene implementando el SandBox como medida de seguridad para las aplicaciones, la MacApp Store no contaba con esta opción de seguridad en su versión para ordenadores. No obstante Apple ha decidido implementar el SandBoxing también en la MacApp Store, de forma que los desarrolladores tienen de plazo hasta el 1 de marzo de 2012, para documentar e informar de los privilegios que puedan necesitar sus aplicaciones.
El SandBoxing es una estrategia por la cual se controla a que partes del sistema una aplicación tiene acceso, de forma que no pueda acceder a aquellas partes que no estén previstas evitando así posibles riesgos de seguridad. Así una aplicación si necesita hacer uso de recursos de red, debería indicarlo y si el sistema le ha concedido los privilegios tendrá acceso a dichos recursos, pero no podrá acceder a por ejemplo la información de cuentas de usuario si este uso no estaba previsto. De esta forma, Apple pretende añadir un plus de seguridad a las aplicaciones que se distribuyen a través de su tienda de aplicaciones.